从亚当的体内，诞生出了剩下的所有使徒。与此同时，人类也得到了朗基努斯之枪和死海文书。同时人类也用朗基努斯之枪抑制住了莉莉丝的再生，将其禁锢在了最终教条区。实际上，使徒的目的并不是攻击人类，他们行动的唯一准则是回归亚当。但只要使徒回归亚当，必然会引发第三次冲击，所以人类才会去加以阻挠。所以第三新东京市建立的在莉莉丝的上层的目的，本身就是为了吸引使徒，并将它们全部消灭。
我先介绍一下基本设定，亚当和莉莉丝是生命之树诞生出的，生命的“雄体”和“雌体”的最高形态。生命之树瓦解之后，树枝化作了朗基努斯之枪。
数亿年前，亚当和莉莉丝伴随着陨石，相继坠落到了地球。亚当降临在了南极，莉莉丝降临在了日本箱根。从亚当的体内，诞生出了剩下的所有使徒。而莉莉丝体内的LCL溶液混入海水中之后，诞生出了人类。
简而言之，作品中的人类是莉莉丝的“分身”，而使徒则是“亚当”的分身。
故事中的2000年，人类在对亚当进行接触实验是，不慎引发了亚当的觉醒，直接导致了第二次冲击。这次冲击导致了地轴偏转和海平面上升，也让亚当回到了胚胎形态。与此同时，人类也得到了朗基努斯之枪和死海文书。
在这之后，人类在位于箱根的，莉莉丝坠落形成的巨大地下空间中，建立了第三新东京市，也包括NERV总部的基地。同时人类也用朗基努斯之枪抑制住了莉莉丝的再生，将其禁锢在了最终教条区。
实际上，使徒的目的并不是攻击人类，他们行动的唯一准则是回归亚当。但只要使徒回归亚当，必然会引发第三次冲击，所以人类才会去加以阻挠。
有观众会问，使徒回归亚当为什么要去找莉莉丝？这个问题其实在24集“最后的使者”中解释过了，包括渚薰在内的所有使徒，都把最终教条区的莉莉丝当成亚当了。真正的亚当，早就被移植到了碇源渡的手掌里。
这看似是个天大的误会，实际上一切都是早就计划好的。SEELE得到死海文书之后，得知了人类补完计划的条件，并以书中的预言来指导整个计划。预言中非常重要的一条，是所有使徒都被消灭之后，生命之树将会逆生，这就是所谓的“约定之日”。
所以第三新东京市建立的在莉莉丝的上层的目的，本身就是为了吸引使徒，并将它们全部消灭。很多人没有真的看懂，正片中使徒一次次入侵，实际上早就在碇源渡的剧本中写好了，所谓的使徒，也不过是补完计划的一颗棋子而已。
