秦二世闻讯震惊不已，刚刚莅临皇位，其政权遭受前所未有的考验。兵马俑的烧制，更是由少府章邯亲自监督。12月，章邯攻陷张楚都城陈县，陈胜兵败身亡，张楚政权被灭。秦二世三年12月，一场战役彻底扭转了章邯的人生。汉二年6月刘邦用韩信的计策，从古道回军，袭击章邯。章邯到生命的最后时刻还是保留了一丝尊严，誓死不做三姓家奴，最终自杀身亡。项羽在殷墟接受了章邯军的投降后，解除了章邯军队指挥权，尊其为雍王。
秦二世元年七月，农民陈胜、吴广在大泽乡揭竿而起，掀起了反秦的浪潮，秦统一前的各国贵族也纷纷加入到推动秦朝灭亡的队伍中。
秦二世二年（公元前208年），陈胜麾下的将军周文，率几十万军队到达陕西临潼东的戏水。秦二世闻讯震惊不已，刚刚莅临皇位，其政权遭受前所未有的考验。
大秦政权的三驾马车中，秦二世胡亥没有任何从政经验，更谈不上军事上的建树;宦官赵高成天在皇帝身边游走，从无作战经验;唯有丞相李斯是先帝老臣，执政经验丰富，但无军事阅历。且李斯年事已高，面对紧急的军事危机，也提不出有效的对策。
而统一天下后的秦帝国，军事部署的重心移向南北两边疆，三十万大军屯驻北边，五十万军民屯驻岭南，关东空虚，关中削弱，方造成外重内轻的格局。蒙恬、蒙毅、王翦等名将已死，偌大的大秦王朝，一时竟陷入无人可用的尴尬境地。
秦始皇陵这项浩大的工程，由丞相李斯总领，具体事务则由少府章邯负责。兵马俑的烧制，更是由少府章邯亲自监督。局势的危机，不得已的情况下，章邯从骊山脚下赶回了咸阳。
赵高本来不想用章邯，但秦二世胡亥看其他人都不敢领军，危急时刻，别无选择，就直接下令任命章邯为大将，全权统领秦军，负责首都保卫战。
章邯请求秦二世赦免在骊山为秦始皇修陵的有七十万囚徒，发给武器，立即编入军队，马上就近参战。没有任何选择的胡亥，只想如何解除当前危机，当即接受了章邯的提议。取得军事指挥权后，章邯命令停止骊山的所有工程，以从军立功为条件，赦免服刑者，与服役者一道，全部发给武器装备，就地改编为军队。
章邯指挥那支临时拼凑的秦军，步步紧迫，迫使周文军退出函谷关。随后章邯闭关坚守不出，暗地里调兵遣将，全力整军备战。九月，章邯将周文军逐出关中，安定关中国本。11月，章邯出关消灭周文军，乘胜东进，在敖仓破张楚田臧军，在荥阳破张楚李归军，解除荥阳之围，收复三川郡，完成秦军由救援防守到出击进攻的战略转变。进而南下，在郏县击溃张楚邓说军，在新郑击溃张楚伍徐军，收复颍川郡。之后，秦军乘胜一举破了荥阳，又接连攻破邓说，大败伍徐，斩杀蔡赐，招降宋留，逼得陈胜跑到城父。12月，章邯攻陷张楚都城陈县，陈胜兵败身亡，张楚政权被灭。
章邯打了一连串的胜仗，这时候项梁率领的楚军，这支堪称最强的反秦军队来到了章邯面前。特别是项家军有一位名叫项羽的年轻将领，让章邯吃了不少败仗。章邯十分愤怒，在定陶和楚军决战，章邯大胜全歼楚军，项梁也因此战死。
秦二世三年12月，一场战役彻底扭转了章邯的人生。项羽率领数万楚军，同章邯所率四十万秦军主力在巨鹿(今河北平乡 )进行的一场重大决战性战役，也是中国历史上著名的以少胜多的战役之一 。项羽破釜沉舟，以大无畏精神在各诸侯军畏缩不进时率先猛攻秦军，带动诸侯义军一起最终全歼秦军，并于八个月后迫使另二十万章邯秦军投降。
汉二年6月刘邦用韩信的计策，从古道回军，袭击章邯。章邯在陈仓迎击汉军，刘邦用赵衍之计，从他道攻陈仓，章邯兵败，退保废丘。刘邦久攻废丘不下，遂用计水淹城池而城破，章邯遂拔剑自刎。
章邯到生命的最后时刻还是保留了一丝尊严，誓死不做三姓家奴，最终自杀身亡。
《史记》记载，项羽与章邯盟于洹水南殷墟上。章邯面见项羽痛哭失声，哀泣人生，哀泣国运，哀泣亡魂。其中既有往日对战厮杀的恩怨，也有当下赵高逼迫的无奈，更有愧对先帝故国的羞辱。项羽在殷墟接受了章邯军的投降后，解除了章邯军队指挥权，尊其为雍王。令章邯始料未及的是，跟随他出生入死的二十万降兵，却被西楚霸王项羽一夜之间悉数坑杀。由此章邯也成了三秦父老心中永远的罪人，“秦奸”成为他永世洗不清的罪名。
